2000年行政院依據《離島建設條例》第18條規定訂定《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，規定兩岸往來之相關規範，開放金門、馬祖、澎湖等離島，作為兩岸通郵、通商與通航(俗稱小三通)，並放寬「小三通」旅客、航運、貿易等往來限制，以及貿易及航運便捷化等措施，至今兩岸小三通航運的旅客與貨物往來，其業務量日趨向上。然而就目前現有無論是法規條款、相關措施、服務業者…等將為因應變化而開始進入轉型期。
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